Пилотным проектом данной реформы стало преобразование Инженерно-экономического факультета в Институт экономики и финансов, при этом была сохранена традиционная аббревиатура– ИЭФ. Первым директором стал профессор М.Е.Мандриков (1997 год), после его безвременной кончины институт возглавила профессор Н.П.Терёшина (1997–2004гг.).

Переход нашей страны к рыночной экономике в начале 1990-х гг. сформировал спрос на новые экономические знания и компетенции. Реагируя на запросы общества и экономики, кафедры ИЭФ стали разрабатывать и включать в учебные планы такие новые дисциплины, как «Маркетинг», «Менеджмент», «Биржевое дело», «Инвестиции» и др.

Для чтения лекций на высоком научно-методическом уровне преподаватели ИЭФ активно повышали свою квалификацию, проходили профессиональную переподготовку, к учебному процессу привлекались экономисты-практики, успешно освоившие новую систему экономических отношений. В ИЭФ были открыты новые специальности, такие, как «Коммерция», «Предпринимательство», количество обучающихся существенно увеличилось в связи с открытием платного набора.

В 1995 году профессор кафедры «Экономика и управление на транспорте» Р.М. Царёв получил дополнительное образование по финансовому и банковскому профилю и в соответствии с решением учёного совета университета лицензировал подготовку финансовых и банковских работников, создал новую выпускающую кафедру «Банковское дело», через год переименованную в «Финансы и кредит».

По инициативе профессора В.Г. Галабурды была открыта специальность «Маркетинг», по инициативе профессора Н.П. Терёшиной– «Мировая экономика». Важно отметить, что эти и другие специальности были открыты по согласованию с учредителем– Министерством путей сообщения, с выделением на них бюджетных мест и выдачей выпускникам диплома государственного образца.