У всех студентов было горячее желание как-то помочь фронту. Днём они учились, а ночью работали на предприятиях Москвы, дежурили на крышах общежитий и институтских корпусов. Когда в эвакогоспиталь стали поступать раненые, девушки-экономистки, выполняя роль санитарок, работали иногда по 36 часов без отдыха.
Студенты и сотрудники факультета участвовали в строительстве железнодорожного большого окружного кольца, Кривандинской железнодорожной ветки.
Студенты экономического факультета также принимали большое участие в работах по временному и капитальному восстановлению железных дорог, разрушенных в ходе военных действий. На прифронтовых дорогах работали: Шульга В.Я., Ходыкин Я. В., Пепик Л., Матвеев С.

В первые же дни войны многие студенты стремились попасть на фронт. Но студенты МИИТа нужны были транспорту и поэтому каждый из них, начиная с третьего курса, имел бронь. Однако, несмотря на это, многие студенты-экономисты все равно уходили на фронт.
В боях за родину отдали жизнь сотрудники факультета: заведующий кафедрой «Экономика транспорта» Ледовской В.И. и доцент этой же кафедры Вольфсон Л.Я.
13 октября 1941 года на трудовой фронт под г. Можайск был отправлен второй отряд студентов — экономистов. Это было трудное для Москвы время - гитлеровские войска подошли совсем близко к столице. На этом трудовом фронте на сооружении противотанковых рвов работали студенты факультета: Татьяна Якимовец, Ада Никифорова, Лариса Назарова, Александр Казанский, Александр Журавель, Надежда Максимова, Николай Фролов, Раиса Вервельская. Все они служили в одной части, в 19-ом отдельном батальоне ПВО.

По решению правительства инженерно-экономический факультет в составе МИИТа 17 и 20 октября 1941 года двумя эшелонами был эвакуирован в г. Новосибирск. За короткий срок здесь была возобновлена учеба, хотя учиться приходилось в крайне тяжелых условиях.
Учебные занятия проходили в НИИЖТе и в классах средних школ города, последние использовались также для общежития студентов, где спать приходилось в три яруса.
В конце 1942 года институт вернулся из эвакуации. В связи с малочисленностью учащихся, обучение студентов экономической специальности проводилось на эксплуатационном факультете, а осенью 1943 года был вновь создан инженерно-экономический факультет.